Здравствуйте, ChaM, Вы писали:

CM>Можно ли в данном случае ускорить весь процесс если осуществлять запись результатов для каждой строки в другом потоке? (с целью что бы разбор файла не ждал каждый раз записи на диск)
Теоретически — да, можно.

CM>Например если делаю вот так через очередь то получается гораздо медленнее чем если сразу результат в файл записывать

Вместо кустарной синхронизации возьмите какую-нибудь подходящую очередь из java.util.concurrent