S> В каком формате книги? PDF?

Допустим.

S> сравнить чем отличаются

Экземпляры могут несравнимо отличаться (т.е. быть настолько разными, что алгоритм выявления разницы собъётся)

S> удалить ватермарки

Это считай заново документ пересоздать. Да, можно, но нужны скиллы.

S> таких сайтов море и бороться с ними не представляется возможным

Роскомнадзор (или кто там сайты блокирует) несогласен.